El astro argentino llevó su registro goleador hasta 234 goles como jugador del Barcelona y sobrepasó a César Rodríguez como máximo goleador del equipo en competiciones oficiales. Esta alianza solo duró un año y hasta la fecha ha sido la única vez en que los dos equipos rivales de la ciudad se han unido. En 1992 nació «Escándalo Verde», esta fue la primera barra con la infraestructura y la organización suficiente como para acompañar al equipo cada vez que jugaba, se localizó en la tribuna oriental y su fundador fue Carlos Goez. 4 de julio. El defensor Andreu Fontàs fue ascendido al equipo principal para reemplazar a un Éric Abidal lastimado, que había sido diagnosticado con un tumor de hígado. El 27 de julio el equipo se jugó el partido de vuelta en el Estadio Atanasio Girardot. 2.º mejor equipo en la tabla histórica de la Copa Merconorte superado por Millonarios por solo 2 puntos. En la Copa Libertadores conformó el Grupo 7, logró terminar primero y jugar los Octavos de final contra C. S. Emelec, pero cayó 1-2 en el global. Los objetivos no se cumplieron y Nacional quedó eliminado en octavos de final de la Copa Libertadores que jugó contra Vélez Sarsfield de Argentina.
Esta temporada, el Barcelona ganó la Supercopa de Europa frente a Porto, además del Mundial de Clubes frente al Santos de Neymar y la Copa del Rey frente al Athletic Club, pero fracasó en la Liga y en Champions League. 28 de marzo, el Barcelona y el AC Milan italiano terminaron el partido de ida de Cuartos de Final de la Champions League 0-0 en el San Siro. El partido de ida se jugó el 18 de mayo en el Estadio Metropolitano de Barranquilla, terminando 1-0 a favor del Junior. En el encuentro de ida cayó 1-2, ya en Medellín, se repitió el mismo resultado pero a favor del verde, con goles de Dorlan Pabón y Carlos Renteria, el título se definió en los penaltis, dónde el arquero argentino Gastón Pezzuti se convirtió en figura al tapar tres de los cinco penales cobrados. En varias ocasiones Atlético Nacional tuvo que jugar fuera del Atanasio Girardot, como en 1989 cuando se jugó la final de la Copa Libertadores 1989 en Bogotá, en el Estadio Nemesio Camacho El Campín, debido a que el Estadio Atanasio Girardot, de Medellín, en esa época no poseía la capacidad mínima que pedía la Conmebol para albergar un partido de esa categoría, en la década de los noventa cuando la Confederación Sudamericana tras un partido de la Copa Libertadores 1990 sancionó a Nacional, excluyéndolo de varias competiciones internacionales y suspendiendo la plaza, el equipo Verdolaga tuvo que jugar en Miami, San Cristóbal (Venezuela) y Santiago de Chile.
Atlético Nacional juega en el Estadio Atanasio Girardot, el cual es propiedad de la Alcaldía de Medellín y es compartido con el Deportivo Independiente Medellín, dicho escenario está ubicado en el occidente de la ciudad y que cuenta con una capacidad de 45.000 espectadores, todos sentados. Es el partido que enfrenta a los dos principales equipos del Valle de Aburrá y propiamente los únicos clubes profesionales de la ciudad de Medellín: Atlético Nacional e Independiente Medellín. El primer clásico que se disputó en la historia entre ambos equipos fue el 12 de septiembre de 1948 y la victoria se la llevó el Independiente Medellín superando al que en el momento se denominaba Atlético Municipal, 3-0, en el marco del primer campeonato disputado en Colombia. En la Copa Libertadores el club ocupó el grupo 4 junto con Peñarol, Sporting Cristal y Huracán, en esta instancia el club fue el mejor, terminando con 16 puntos de 18 posibles, cinco partidos ganados, uno empatado y cero goles en contra, equipacion del milan su mejor fase de grupos en la historia. En la Copa Libertadores 2019 cayó en la segunda fase ante Libertad por penales por 5-4 después del empate por 1-1, pero pudo disputar la Copa Sudamericana 2019, en donde cayó en la segunda fase ante Fluminense en la segunda fase por un global de 4-2, perdiendo 4-1 en la ida, y 1-0 en la vuelta.
Para 1999, el equipo verde doblegó 1-0 a Independiente Medellín logrando así disputar la gran final de ese año contra el América de Cali que a la postre ganó Nacional. En 1955 lucharon mano a mano el torneo colombiano, pero fue Independiente Medellín quien se llevó el primer puesto luego de 27 fechas. Torneo Apertura quedó catorce y no pasó a las semifinales y en el Torneo Finalización quedó tercero en la fase regular pero en los cuadrangulares quedó último de su grupo con 4 puntos. Como hecho destacado está que las dos instituciones se unieron para no desaparecer a finales de la década de los cincuenta, bajo el nombre extraoficial de «Independiente Nacional», que fue utilizado por los jugadores, sin embargo, nunca apareció en las planillas oficiales. Entre los intervalos en los que Hernán Botero se ausentó de la presidencia estuvieron a cargo Fernán Jaramillo Isaza, Hernán Villegas Ramírez como encargado, Mario de Bedout y Carlos Restrepo Arbeláez. Juan Carlos Osorio continuó en la dirección del equipo verdolaga. El 26 de mayo se confirmó la salida del técnico Juan Carlos Osorio, siendo el técnico más ganador en la historia del club hasta ese momento.
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