En 1947 el expresidente de la Liga Antioqueña de fútbol, Alberto Villegas Lopera, lideró la fundación de una sociedad comercial, la cual pretendía darle más importancia a los deportes en Antioquia como el fútbol y el baloncesto. Sin embargo, algunos jugadores, liderados por Humberto «Turrón» Álvarez y Ricardo Ruíz, idearon una forma de alquilar la ficha del equipo ante la Dimayor, se asociaron utilizando las denominadas «Natilleras», práctica común en Antioquia que consiste en un grupo de personas que aportan dinero con el fin de lograr un objetivo común, gracias a esto, los jugadores recibieron el dinero de las taquillas, de allí pagaron los gastos del equipo y el alquiler de la ficha, y se repartieron lo poco que quedaba. Ante ese panorama se decidió volver a contratar jugadores extranjeros y de esta forma se terminó con la segunda época de nacionalismo. Indulana Foot-Ball Club, de esta forma el nuevo club pasó a llamarse Unión Indulana Foot-Ball Club. El club no ofreció ninguna otra información debido a que los entrenadores deseaban mantenerlo en privado. Lionel Messi anotó dos tantos desde el punto de pena máxima, para así elevar su marca personal hasta los 14 goles e imponer un nuevo récord desde que se instaurase el formato de Liga de Campeones vigente.
Sin embargo, el nuevo nombre no apareció en las planillas oficiales de la Dimayor sino hasta la temporada siguiente. La Dimayor aceptó de nuevo al elenco a pesar de que ya se habían cumplido cuatro fechas del campeonato. Desde marzo de 2017, Andrés Botero Phillipsbourne se desempeñaba como presidente de Atlético Nacional, luego que Juan Carlos de La Cuesta renunciara. En agosto de 1950 el nombre del equipo se cambió por el de Club Atlético Nacional. Al finalizar el primer campeonato en Colombia el Atlético Municipal terminó en el sexto lugar con 18 unidades, a diez puntos del campeón Santa Fe. ↑ «Barça coronado como campeón de la Copa Mundial de Clubes.». En 2014 la organización lo ubicó como el 5° mejor equipo del mundo y como el mejor de América según su ranking anual de clubes. Logró los subcampeonatos de la Copa Intercontinental en 1989, de la Copa Libertadores en 1995, de la Recopa Sudamericana en 1990, de la Copa Simón Bolívar en 1971 y fue tres veces subcampeón de la Copa Sudamericana en 2002, 2014 y 2016, adicional a esto en la Copa Mundial de Clubes de la FIFA 2016 obtuvo la Medalla de Bronce al ganar el partido por el tercer lugar del torneo.
Fernando Paternoster, quien como jugador fue subcampeón del mundo en 1930 con la Selección Argentina. Es reconocido por la FIFA como uno de los Clubes Clásicos del Mundo y Cultor del Fútbol Lírico. Ganó 14 títulos, incluyendo 2 Ligas de Campeones, 2 Supercopas de Europa, equipacion ac milan 2 Mundiales de Clubes y 3 Ligas Españolas. Asimismo, ocupa el puesto 58° en el ranking mundial de clubes de todos los tiempos según la IFFHS, siendo el segundo equipo colombiano mejor posicionado de la lista. En el Torneo Apertura quedó segundo con 36 puntos, en el Torneo Finalización quedó sexto luego del cambio de entrenador de Reinaldo Merlo a Luis Fernando Suárez. En 1950, el expresidente de la Liga Antioqueña de fútbol, Luis Alberto Villegas, cambió el nombre del club por Club Atlético Nacional. Fue la primera vez que derrotó al Medellín en cancha, ya que la anterior victoria, el 23 de julio de 1950, le fue otorgada al Medellín debido a una huelga de jugadores. En 1935 en el barrio Boston de Medellín un grupo de jóvenes solían reunirse a jugar a fútbol en un potrero llamado La manga de Don Pepe, -en lo que actualmente es la Carrera 39, entre el Teatro Pablo Tobón Uribe y La Placita de Flórez- estos jóvenes decidieron fundar su propio club de fútbol con el nombre de Unión Foot-ball Club.
La alianza con el Independiente Medellín tan solo duró un año, aunque la singular denominación continuó durante el siguiente campeonato. Fundado el 7 de marzo de 1947 bajo el nombre de Club Atlético Municipal de Medellín y registrado por escritura pública el 30 de abril de 1947 en la notaría primera de Medellín. ↑ «Empate en la primera jornada de la Champions League.». ↑ El Colombiano (12 de febrero de 2012). «Inversión de peso en Nacional». La institución abandonó la Liga Antioqueña de fútbol, y afrontó el Campeonato Profesional Colombiano con una nómina de «puros criollos». Liga Antioqueña. El Unión Indulana Foot-Ball Club resultó ser el indicado y se acordó la incorporación de este a la nueva institución, de esta forma, el club pasó a ser el Atlético Municipal. Atlético Nacional es un club de fútbol de la ciudad de Medellín, Colombia. En la misma se planteó la creación del Fútbol Profesional Colombiano y se aprobó como fecha de iniciación del campeonato el 15 de agosto. El 15 de agosto a las once horas, se jugó el primer partido del Fútbol Profesional Colombiano entre Atlético Municipal y la Universidad Nacional en el Hipódromo-estadio San Fernando de Itagüí; el marcador final fue Atlético Municipal 2-0 Universidad Nacional.