En el partido de vuelta ante Deportivo Quito, ganó por 2-1. El último partido de la primera fase, frente a Emelec, en Medellín, ganó 3-1. Millonarios ganó el grupo, con 10 puntos, seguido de Atlético Nacional con 7 y tercero Deportivo Quito con 4 puntos, clasificándose estos tres a octavos de final. En la Copa Sudamericana, el equipo logró llegar a una final internacional después de 12 años y enfrentar a River Plate de Argentina, pero el global terminó 3-1 en contra, siendo subcampeón de la Copa Sudamericana por segunda vez. El 25 de julio de 1990 en Medellín, Nacional jugó contra el Club Universidad Nacional de México por la Copa Interamericana, allí ganó el verde 2-0. Siete días después en el partido de vuelta en la Ciudad Universitaria de México, Nacional volvió a triunfar, esta vez 4-1. En el resultado global, Nacional le ganó 6-1 a los Pumas de la UNAM. Ganaron los paraguayos por 2-0. El de vuelta se jugó en Bogotá, en el Estadio Nemesio Camacho El Campín, debido a que el Estadio Atanasio Girardot, de Medellín, en esa época no poseía la capacidad mínima (50.000) que pedía la CONMEBOL.
En la fase de octavos de final, el 5 de abril, enfrentó en Medellín al Racing Club y ganó 2-0. En el juego de vuelta cayó por 1-2, aunque en el resultado global, Nacional se impuso por 3-2 y logró pasar de ronda. Copa Libertadores. En el Finalización quedó cuarto, siendo quinto en la reclasificación, lo que le dio para avanzar a los cuadrangulares semifinales, y luego en esta fase quedó primero en el grupo. Ganó 4 partidos y empató 2. Cabe destacar que Nacional se coronó de nuevo campeón frente al América de Cali como en 1981, luego de haberlo vencido 2-1. Ese año, en la Copa Libertadores avanzó nuevamente a las semifinales, donde de nuevo fue eliminado por Olimpia de Paraguay. En 1990 Atlético Nacional llegó a la semifinal de la Copa Libertadores, instancia en la que fue eliminado por el Olimpia de Paraguay, equipo al que un año antes había vencido en la final del mismo certamen.
Además ese mismo año se produjo el debut de Víctor Hugo Aristizabal, el 13 de agosto, frente al Pereira. Ese año obtiene el subcampeonato en el torneo nacional, detrás del América de Cali. El mismo año iba a participar en la Supercopa, pero fue forzado a renunciar por una sanción de la CONMEBOL tras un partido de la Copa Libertadores de ese año contra Vasco da Gama. El partido terminó con un empate a cero después de que el penal de Lionel Messi fuese salvado por Varas en tiempo de descuento. 11 de marzo, Barcelona derrotó de visitante al Real Racing Club de Santander con marcador de 0-2 con dos goles del argentino Lionel Messi llegando este mismo a los 230 goles oficiales con el equipo blaugrana. El segundo partido contra Emelec, en Guayaquil terminó también 1-1. El tercer partido del grupo, contra Deportivo Quito en el estadio Atahualpa terminó también 1-1. El 7 de marzo, en Medellín cayó 0-2 ante Millonarios. El primer partido terminó 1-1 en Bogotá frente a Millonarios.
Hay que mencionar también su participación en la Supercopa Sudamericana, donde llegó hasta octavos de final, siendo eliminado por el Cruzeiro de Brasil, empató 1-1 en Medellín y cayó goleado por 8-0 en el partido de vuelta en Belo Horizonte. El partido de ida fue el 19 de abril, en Medellín con victoria 1-0. El de vuelta en Bogotá, el 26 de abril, terminó 1-1 y se clasificó así a la siguiente ronda, la semifinal. Los resultados fueron: con Junior 1-2 y 2-1; con Cortuluá 4-3 y 3-2; y con el Deportivo Pasto 3-2 y 0-1; y así llegó a la final del Finalización ante el DIM. El primer partido quedó 0-0 y el segundo lo ganó Nacional 1-0. La final del año se disputó frente al América de Cali por ser este el ganador del Torneo Apertura. 18 de enero, Barça derrotó al Real Madrid en el Bernabéu en meses consecutivos, camiseta milan 2023 gracias a 1-2 de resultado. Y dio pase al primer gol de Fàbregas con la camiseta del barça en el minuto ’88. Al final, los rojos del Valle fueron los campeones, superando por un punto de ventaja a Nacional, que tuvo que conformarse con el subtítulo. Fue inaugurado oficialmente el 31 de enero de 2017, proyectado desde octubre de 2014, con una inversión cercana a los 11 000 millones de pesos, con un área total de 3.200 metros cuadrados cuenta con una cancha de medidas reglamentarias, una cancha sintética, gimnasio, zona de masajes y recuperación, zona húmeda con dos jacuzzi y una piscina de hidromasaje, camerinos, consultorios médicos, zona de entretenimiento y oficinas, que complementarán los demás espacios con los que ya cuenta la sede campestre ubicada en el oriente antioqueño.